Také jsem čelil podobnému problému s některými staženými kódy - shell fungoval správně, ale ovladač Node selhal (neexistovala žádná další externí knihovna jako mongoose). Moje nainstalovaná verze MongoDB byla 2.6.6 a package.json měl položku mongodb jako "~1.3.18". S návrhem od někoho jsem změnil vstupní hodnotu na "~1.4.31", což můj problém vyřešilo.