Porovnáváte dvě různé věci. moment() udává čas v místním časovém pásmu a Date.now je čas v UTC. Jediný důvod, proč to tak má mongoose, je ten, že to tak mongo db ukládá. Zde není nutná žádná oprava.
Stačí převést načtené datum mongoose zpět na místní časové pásmo pomocí knihovny momentů.