Právě jsem našel řešení a funguje mi perfektně.
mongoose.connection.db.collection('player').updateOne(
{_id: mongoose.Types.ObjectId('56cb91sf34746f14678934ba')},
{$set: {name: 'Test'}}
);
Tento dotaz neaktualizuje updatedAt
pole. Doufám, že to stále potřebujete!