Krátká odpověď - ne, je to určitě možné, ale ne rozumné.
MongoDB je databáze dokumentů a nepodporuje žádné fyzické vztahy mezi kolekcemi. EF se dobře hodí pro relační databáze jako SQL, MySQL atd. MongoDB pracuje rychleji s vloženými dokumenty. Jde tedy jen o dva různé přístupy.