První věc, kterou je třeba zkontrolovat, je „existovaly nějaké výjimky“ ?
V coll.update() , nenastavujete safe variabilní. Pokud je v update výjimka , nebude vyhozen.
Ve vašem kódu nezachytáváte výjimky (což je navrženo) a vaše aktualizace nekontroluje výjimky, takže nemáte žádný způsob, jak zjistit, co se děje.
Druhá věc ke kontrole je „jak počítáte“ ?
update příkaz může "vymazat" data, ale nemůže smazat data (nebo změnit _id ).
Máte kopii původních dat? Můžete spustit svůj kód na malém počtu z těchto 10 nebo 100 a zjistit, co se děje?
To, co popisujete, není normální u žádného z ovladačů MongoDB . K vyřešení tohoto problému rozhodně potřebujeme více dat.