1. Ano, je to správné.
2. Ne, je lepší dát mongodb co nejvíce místa na disku (pokud mongodb může alokovat více místa než menší fragmentaci disku, kterou budete mít, další přidělování místa je drahá operace). Ale pokud chcete, můžete spustit db.repairDatabase() z mongodb shellu na zmenšení velikosti databáze.
3. Ano, můžete spustit repairDatabase na živé instanci mongodb (lepší je spustit ji v žádné špičce)