Jaký je nejlepší postup pro připojení/odpojení k databázi?

Nejlepší je mít připojení db v samostatném modulu (db.js)

var mongoose = require('mongoose')

mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname', function(){
    console.log('mongodb connected')
})
module.exports = mongoose

Každý model by měl mít samostatný modul, který přijímá připojení db (post.js)

var db = require('../db.js')
var Post = db.model('Post', {
    username: {type: String, required: true},
    body: {type: String, required: true},
    date: { type: Date, required: true, default: Date.now }  
})

module.exports = Post

Kdykoli pak budete potřebovat použít daný datový soubor, stačí jej vyžadovat a volat

var Post = require('/models/post')
Post.save()
Post.find()