Můžete použít
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", doc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
Měli byste však být opatrní.
Pokud nejprve deserializujete dokument na SomeObject, všechna pole získají svou výchozí hodnotu (null pro řetězce, 0 pro ints atd.). A pokud tento objekt použijete pro aktualizaci, pole, která ve vašem řetězci json neexistovala, budou aktualizována na výchozí hodnotu.
Pokud použijete
var bsonDoc = BsonSerializer.Deserialize<BsonDocument>(jsonString);
IMongoUpdate updateDoc = new UpdateDocument("$set", bsonDoc);
collection.Update(Query.EQ("_id",id), updateDoc);
váš dokument v databázi bude aktualizován pouze pro pole, která jsou přítomna ve vašem jsonString