Předpokládám, že váš problém je v tom, že se aktualizuje pouze jeden dokument, že? Pokud je tomu tak, je zde další nastavení, které musíte specifikovat ve třetím parametru (parametr options) pro metodu aktualizace:
multiple => true
V opačném případě aktualizuje pouze první shodu vašeho dotazu. Viz dokumentaci k metodě aktualizace na adrese:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php