Ok, našel jsem řešení, jak dostat řetězec base64 do formátu GUID v rámci uzlu, pro jeho převedení je třeba to udělat:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
a nyní mohu dotazovat databázi takto:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});