Protože tento dotaz najde dokument v shellu:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
To znamená, že typ _id v dokumentu je ve skutečnosti řetězec, nikoli ObjectId jako Mongoose očekává.
Abyste tento dokument našli pomocí Mongoose, museli byste definovat _id ve schématu pro Story jako:
_id: { type: String }