Zdá se mi, že váš kód se ve skutečnosti pokouší nastavit pole $inc dokumentu spíše než použití modifikátoru $inc v poli foo.count. To by mohlo být to, co chcete:
db.foobar.update(
{ name: "Foobar" },
{
$set: { 'foo.bar': 'bar' },
$inc: { 'foo.count': 1 }
}, true)
Doufám, že to pomůže.