Tato otázka může být stará, ale měl jsem stejný problém a našel jsem jiné řešení, které by mohlo fungovat pro ostatní.
Připojování ?authSource=admin na konec vašeho MONGO_URI proměnná ověří vaše přihlašovací údaje oproti databázi správce, nikoli té, ke které se připojujete.
Příklad:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"