Právě jsem narazil na podobný problém ve svém kódu. Pro ten můj jsem se zabýval objektem v mém uživatelském dokumentu. Musel jsem spustit user.markModified('object') před user.save() aby se zajistilo, že změny byly uloženy do databáze. Moje běžná teorie je, že Mongoose nesledoval položky, které by byly automaticky odstaveny nebo odstraněny z databáze
