Právě jsem dostal odpověď od Fixieho týmu:
Když jsem se ptal na možnost použití SOCKS pro tento případ, odpověděli:
V mém případě tedy zjevně neexistuje způsob, jak navázat připojení ke clusteru MongoDB Atlas pomocí mongoose prostřednictvím proxy řešení nabízeného Fixie (Heroku Add-on).