Měl jsem úplně stejný problém. Zdá se, že je nový.
Zde je můj připojovací řetězec, který nyní funguje
mongoose.connect('mongodb://UŽIVATELSKÉ JMÉNO :PASSWORD @myShard -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAME ?ssl=true&replicaSet=myShard -shard-0&authSource=admin');
K vytvoření nové DB jsem použil MongoDB Compass. Zkopírujte připojovací řetězec z webu Atlas (myslím, že ten delší - 3.4), když otevřete kompas mongodb, rozpozná, že je ve vaší schránce (OSX) připojovací řetězec, a umožní vám naplnit připojení pro kompas pomocí jednoduché kliknutí. Odtud můžete vytvořit novou databázi (Klikněte na MyCluster vlevo nahoře - poté Create Database. Vložte název nové databáze do tučně zvýrazněného MYDBNAME v mém připojovacím řetězci.
Trvalo několik obnovení, než se objevila nová data.
Měl jsem téměř stejný připojovací řetězec jako vy (jméno db/útržek se liší atd.) - byl jsem schopen POST, ale ne GET. PŘÍSPĚVKY nevytvořily chybu (ale nemohl jsem najít data, která jsem zveřejnil) a GET vyvolal stejnou chybu jako vy.