Sady replik v MongoDB mohou mít v tomto okamžiku pouze jednu hlavní. (Nazývá se to primární sada replik.) Pro váš scénář je často řešením použít sdílený cluster. Ve vašem příkladu byste měli dva fragmenty:jeden pro data serveru A a druhý pro data serveru B. Oba fragmenty jsou implementovány jako sady replik, takže každý má minimálně tři servery. Poté byste primární datový fragment A umístili do stejného datového centra A a primární datový fragment B do datového centra B. Alespoň jedna replika každého datového centra (nazývaná sekundární) by byla umístěna v druhém datovém centru.
To znamená, že všechna data jsou k dispozici v každém datovém centru, ale zápisy do datového centra A musí vždy probíhat v datovém centru A a zápisy do datového centra B v datovém centru B. (I když zápisy lze provádět i vzdáleně, takže může zapisovat na fragment A z datového centra B, v tomto případě jde jen o vzdálený zápis.)