Ukázalo se, že umístění stažené databáze mongodb do synchronizované složky mezi hostitelským počítačem a virtuálním počítačem způsobilo určitý typ problému s oprávněními nebo konfigurací.
Když jej vyjmete ze synchronizované složky – která s největší pravděpodobností obsahuje soubor Vagrantfile – a vložíte jej do složky, která není synchronizována/sdílena, zdá se, že funguje dobře. Myslel jsem, že někomu ušetřím 5 hodin, které jsem promarnil :-)