zkuste použít mongodump nebo mongoexport . https://docs.mongodb.org/manual/core/backups/
mongoexport poskytuje efektivní způsob exportu dat z kolekce (pokud chcete, dotazem)
mongodump vytváří úplný výpis databáze (zálohu), takže ji můžete snadno obnovit kdekoli, se stejnými ID, referencemi a indexy. Všechny vaše věci
Můžete použít node.js child_process.exec pro provozování mongodump/mongoexport. Můžete použít linux crontab pro plánování záloh. Tolik způsobů, jak to uspořádat pomocí správných nástrojů