Nezdá se, že by dvojité uvozovky byly uloženy v poli Mongo jako součást řetězce. Pokud by byly, výstup JSON by vypadal asi takto:
{ "database" : "\"mkyongDB\"" }
Takže je to pravděpodobně výsledek toho, jak je analyzován JSON.
Deserializuje ovladač Java JSON do třídy DBObject? Možná do pole vstoupíte voláním něčeho jako dboject.get("database") a přetypování výsledku do řetězce?
Také stojí za to se podívat na Java Language Center , existuje spousta odkazů na tutoriály, knihovny a rámce pro mapování POJO, které mohou usnadnit život.