Mongoose se ve výchozím nastavení pokouší nastavit ObjectId. Můžete to potlačit pomocí následujícího:
var categorySchema = mongoose.Schema({
_id: String,
ancestors: [{type: String }],
parent: {type: String}
},{ _id: false });
var Category = mongoose.model( "Category", categorySchema );
A všimněte si, že pro vaše rozvržení existuje pouze jedno schéma.