Uložte všechny tři věci (připojení k serveru, databázi a kolekci) a spusťte své app.ODM pro MongoDB jako Mongoose udělejte sami, v případě, že máte pochybnosti. Možná budete chtít použít async abyste zabránili vnoření kódu příliš hluboko.
Osobně používám mongo-lite
což mi umožňuje provést var db = require('mongo-lite').connect('mongodb://localhost/exampleDb', ['test']);
Poté si mohu pohrát s db.test, svou sbírkou. Ušetřím si tím spoustu legrace.