Narazil jsem na stejný problém a po nějakém googlování a hledání jsem našel tento příspěvekhttps://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Zkoušel jsem tento zmíněný příkaz:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
a funguje to jako kouzlo. Ve vašem případě by to mělo fungovat, hodně štěstí.