Zde jsou dva možné problémy.
Nejprve a s největší pravděpodobností váš dotaz na odstranění {_id: mongojs.ObjectId(id)} neodpovídají žádnému dokumentu v DB.
Za druhé máte nějakou chybu během fáze odstraňování.
Takže doporučuji následovat. Zkontrolujte, zda dotaz na odstranění skutečně obsahuje dokumenty k odstranění, a to takto find({_id: mongojs.ObjectId(id)}) . Pokud budou dokumenty nalezeny, zkuste vytisknout err a podívej se, co tam máš.
Dokumenty https://docs.mongodb.com/manual/reference /method/db.collection.remove/
Doufám, že to pomůže.