Udělal bych vysvětlení, abyste viděli, co dělá mysql. To by poskytlo dobrý přehled o tom, kolik řádků se používá.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
můžete také použít jiný prohlížeč nebo jinou relaci a použít show processlist, abyste viděli, jak se dotaz provádí.