Vím, že je to staré, ale vyhledávání Google pro tento problém ukazuje zde. Takže tady je odpověď:
Debian a Ubuntu omezují přístup ke složkám. K tomu musíte použít složku phpmyadmin.
V Ubuntu je to "/etc/phpmyadmin/" (bez uvozovek).
Takže konfigurace by byla:
$cfg['UploadDir'] = '/etc/phpmyadmin/';