Měl jsem podobný problém a stáhl jsem jar z http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker, který fungoval dobře.
Když se podíváte na build.gradle v projektu DaoGenerator najdete závislost, která ukazuje přesně na tento artefakt. Myslím, že použití gradle k vytvoření vašeho projektu automaticky stáhne tyto závislosti stejně jako maven. Pokud si nepřejete používat ani jeden, pravděpodobně bude v pořádku stáhnout a zahrnout artefakty ručně.