Máte pravdu, System.Data tam nejsou (totéž jsem hledal, když jsem poprvé začal hrát s WinRT). Ani na to nebudete moci odkazovat. Pokud chcete mluvit s databází SQL, budete muset použít nějaký jiný protokol (WebService, SOAP, WCF atd.).
K dispozici jsou porty pro SQLite, které se zdají být funkční, což vám poskytne možnost místní databáze, ale ne možnost založenou na serveru, aniž byste se k DB dostali pomocí nějakého prostředníka.
Jako vedlejší poznámku bych osobně rád viděl desktopovou aplikaci Metro, která by se mohla připojit například k databázi SQL Express, ale v současné době to není v kartách, aniž by skákala přes obruče.