Nastavil bych trasování v SQL Server Profiler, abych viděl, jaká nastavení možností SET připojení používá při připojování z kódu .NET a jaká nastavení se používají v SSMS. Nastavením možností SET myslím
ARITHABORT
ANSI_NULLS
CONCAT_NULL_YIELDS_NULL
//etc
Podívejte se na MSDN pro tabulku možností
Už jsem viděl problém, kde byly možnosti odlišné (v tom případě ARITHABORT ) a rozdíl ve výkonu byl obrovský.