Vyřešil jsem to přidáním následujících řádků do App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
a toto v Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Protože tento proces trvá velmi dlouho, více než 10 minut, zjistil jsem, že musím tuto hodnotu přepsat vyšší.