Dostal jsem jasnou odpověď od společnosti Microsoft zde http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 for Web nepodporuje nové nástroje SQL Server Data Tools. Chcete-li pracovat s databázovým projektem (převod ze starého dbproj nebo vytvoření nového projektu od začátku), musíte použít Visual Studio 2010 Shell. Chyby, které jsem dostal z uložených procedur, byly způsobeny tím, že skripty SQL nebyly správně importovány. Starý dbproj měl sql skripty v libovolných složkách. Řešením bylo vyloučit všechny skripty sql z projektu, který jsem právě převedl z dbproj, a poté skripty SQL znovu importovat. Když to uděláte, projekt je rozpozná a nevyvolá chyby.