Pokud je to pro archivní účely, určitě bych PDF uložil, protože v budoucnu se může váš skript generování PDF změnit a dopis pak nebude úplně stejný, jako byl původně odeslán. Zákazník bude očekávat, že to bude úplně stejné.
Nezáleží na tom, jaký přístup je lepší, někdy je lepší jít na to, který přístup je bezpečnější.