Jak funguje implicitní převod s porovnáním (<>) varchar reprezentací celých čísel v SQL Server?

Nemůžeš. 3 < 200, ale '3' > '200' . Při provozu na VARCHAR používají operátory porovnání alfanumerické řazení definované pomocí COLLATION.

EG:

drop table if exists #t 

create table #t(PayCode varchar(20))
insert into #t(PayCode) values ('3')

select *
from #t
WHERE PayCode > '200'