PDO má oproti funkcím mysql_* následující výhody:
- Je to křížová databáze, což znamená, že je to stejné rozhraní pro různé relační databáze.
- Pomáhá chránit před vkládáním SQL.
- Je mnohem čistší (používá objektově orientovaný přístup).
Tato otázka již byla položena, možná se budete chtít podívat na odpovědi:
Pokud zakládáte nový projekt, striktně bych doporučil použití PDO nebo knihovny/ORM vyšší úrovně. Pokud již máte spoustu kódu napsaných bez něj, nemusí to stát za to.