Potýkám se se stejným problémem jako vy, problém se vyskytuje pouze tehdy, když používám Operu nebo Chrome.
V mém případě mám .htaccess nasměrovat každou věc na soubor indexu. Prohlížeč si přirozeně vyžádá skript dvakrát, jednou pro skript samotný, druhý pro favicon.
Oprava: Zkuste upravit .htaccess aby se zabránilo přesměrování na soubor indexu, když prohlížeč požaduje favicon.ico