Měl jsem stejný problém po získání nového boxu CentOS 7 se systémem SELinux. Mohl jsem se připojit ke svému vzdálenému serveru MySQL DB z příkazového řádku, ale Drupal (a testovat PHP skripty) nemohl.
Problém se ukázal být v bezpečnostních zásadách SELinux.
Ve výchozím nastavení je zásada httpd_can_network_connect_db je zakázáno (to znamená, že váš webový server nemůže kontaktujte vzdálenou DB.)
Zkontrolujte to přes:
getsebool -a | grep httpd
Pokud je httpd_can_network_connect_db vypnuto, povolte jej pomocí:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db 1
(Příznak -P činí změnu trvalou, takže nastavení přežije restart.)