Zdá se to trochu hackerské, ale bude to fungovat pro data beteen ~ 1970 a 2030 (na 32bitovém oblouku). V podstatě převádíte hodnoty datetime na celé číslo, zprůměrujete je a převedete průměr zpět na hodnotu datetime.
SELECT
from_unixtime(
avg(
unix_timestamp(date_one)-unix_timestamp(date_two)
)
)
FROM
some_table
WHERE
some-restriction-applies
Pravděpodobně existuje lepší řešení, ale toto vám bude stačit.