V závislosti na preferované metodě úpravy proměnných PHP (konfigurace Apache, .htaccess) změňte hodnotu session.cookie_domain tak, aby byla konzistentní.
Mám více subdomén a každá sekce VirtualHost v konfiguračním souboru Apache obsahuje následující řádek:
php_value session.cookie_domain mydomain.com
Syntaxe by měla být podobná, pokud provedete změny v souboru .htaccess.
Aktualizováno pro komentář uživatele bobert5064:
Pro více domén (tj. domain1.com, domain2.org) si myslím, že je potřeba zvolit pouze společný název domény (tj. domain1.com). Nikdy jsem to nezkoušel, takže nemohu ověřit, že to funguje, ale logika se zdá být přesná.
Existuje také metoda pro nastavení směru proměnných v PHP popsaná na http://us.php.net/manual/cs/function.session-set-cookie-params.php . Dokumentace nezmiňuje možnost nebo nemožnost nastavit soubory cookie na jiné doméně.