Při použití fondu připojení volání Connection#close() fyzicky neuzavře připojení, ale vrátí jej do fondu pro budoucí opětovné použití. Jinými slovy, připojení zůstane otevřené a to je celý smysl použití fondu.
No to je ten problém. Vytváříte SessionFactory znovu a znovu (každý vytváří svůj vlastní fond), přičemž byste jej měli vytvořit pouze jednou po dobu životnosti vaší aplikace. Pokud nepoužíváte žádný konkrétní rámec, obvykle se to provádí v nějaké třídě obslužných programů (slavný HibernateUtil třída).
Oficiální Výukový program Hibernate má velmi základní příklad takové třídy. Nebo se podívejte na toto který je o něco bohatší.