To se děje se složeným primárním klíčem, který obsahuje auto_increment. Znovu vytvořte primární klíč tak, aby to bylo čistě vaše pole auto_increment (empId), poté vytvořte jedinečný index na companyId a empId
UPRAVIT
Všimněte si, že to platí pouze pro tabulky MyISAM a BDB. Pokud byste pro své tabulky použili InnoDB, pak by to také fungovalo, jak jste chtěli