Hromadná aktualizace mysql pomocí příkazu where

Nejjednodušším řešením ve vašem případě je použít ON DUPLICATE KEY UPDATE konstrukce. Funguje to opravdu rychle a dělá svou práci snadným způsobem.

INSERT into `table` (id, fruit)
    VALUES (1, 'apple'), (2, 'orange'), (3, 'peach')
    ON DUPLICATE KEY UPDATE fruit = VALUES(fruit);

nebo použít CASE konstrukce

UPDATE table
SET column2 = (CASE column1 WHEN 1 THEN 'val1'
                 WHEN 2 THEN 'val2'
                 WHEN 3 THEN 'val3'
         END)
WHERE column1 IN(1, 2 ,3);