Problém, ze kterého to pochází, jsou uživatelská jména používaná v systémech Mac a Linux. Macu se nelíbí, že Linux chce používat 1 pro ID uživatele.
Způsob, jakým jsem obešel všechny ty šílenosti s oprávněními v nastavení mac + docker-machine, je použití tohoto souboru Docker
FROM mysql:5.6
RUN usermod -u 1000 mysql
RUN mkdir -p /var/run/mysqld
RUN chmod -R 777 /var/run/mysqld
Místo obyčejného obrázku MySQL 5.6.
Poslední 2 řádky jsou nezbytné, protože změna userid pro uživatele mysql zkazí oprávnění k zabudování pro tento obrázek. => potřebujete oprávnění 777, abyste to mohli spustit zde :/
Vím, že je to trochu otřepané, ale zatím nejlepší řešení problému s oprávněními, které zde znám.