Výsledek doby dotazu v MySQL s PHP

$starttime = microtime(true);

//Do your query and stuff here

$endtime = microtime(true);
$duration = $endtime - $starttime; //calculates total time taken

POZNÁMKA že tím získáte dobu běhu v sekundách (nikoli mikrosekundy) na nejbližší mikrosekundu kvůli get_as_float parametr je pravdivý. Viz toto