Viz tato odpověď
. Zdá se, že ovladač MySQL by měl být v {$TOMCAT]/lib sdílené mezi aplikacemi. Zkontrolujte, zda jej nezahrnujete do každé aplikace. Alespoň u mě to fungovalo a varování se mi podařilo odstranit.
Pokud používáte Maven, označte závislost jako poskytnutou.
AKTUALIZACE:
Hlavní příčinou je, že Tomcat má problémy se sběrem odpadků ovladače, protože je registrován v jediném souboru společném pro několik aplikací. Zavření jedné aplikace neumožňuje Tomcatu uvolnit ovladač. Viz tato odpověď
.