Musíte nainstalovat python-dev:
sudo apt-get install python-dev
A protože používáte python3:
sudo apt-get install python3-dev
Tento příkaz by vám měl pomoci.
Pokud používáte mac os, můžete zkusit:
brew update && brew rm python3 && brew install python3
Program You need to brew již byl nainstalován, jinak jej můžete nainstalovat. Je to velmi užitečné pro získávání balíčků v Mac OS. http://brew.sh/