Nejjednodušším řešením (v závislosti na vašich konkrétních potřebách) by pravděpodobně bylo přidat do tabulky spouštěč pro aktualizaci/vložení/smazání, abyste mohli provádět další protokolování při vkládání/aktualizaci/mazání dat. Tímto způsobem budou pokryty i ruční zásahy do db...
Podívejte se na http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/cs/triggers.html pro více informací.