Zkuste začít s průvodcem Percona a porovnat jeho doporučení s aktuálním nastavením jedno po druhém. Nebojte se, že není tolik použitelných nastavení, jak si možná myslíte.
https://tools.percona.com/wizard
Aktualizace kolem roku 2020 :Litujeme, tento nástroj dosáhl konce své životnosti:https://www.percona.com/blog/2019/04/22/end-of-life-query-analyzer-and-mysql-configuration-generator/
Všichni ukazují na key_buffer_size první, které jste oslovili. S pamětí 96 GB bych si dával pozor na jakoukoli nepatrnou výchozí hodnotu (pravděpodobně jen 96 milionů!).