VYBERTE id MAJÍCÍ maximální počet id

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

Tím získáte color_id a počet na tomto color_id seřazený podle počtu od největší po nejmenší. Myslím, že to je to, co chcete.

pro vaši úpravu...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;