Podle dokumentace MySQL nemůžete k aktualizaci křížových tabulek použít spojení (jako v jiných databázích), ale místo toho použít klauzuli where:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /cs/update.html
Myslím, že něco takového by mělo fungovat:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID