Nevyhnete se duplicitám a jablko (nebo odkaz na jablko) bude ve vašem stromě umístěno dvakrát, jinak to nebude strom, ale spíše graf. Vaše otázka je stejně použitelná, pokud stavíte... Swing JTree nebo HTML strom;).
Model vnořených množin je jen efektivní způsob, jak tlačit a procházet stromovou strukturu v relační DB. Nejde o datovou strukturu jako takovou. Mezi uživateli MySQL je populárnější, protože MySQL postrádá funkčnost pro zpracování stromových struktur (např. jako je ta, kterou poskytuje Oracle).
Na zdraví!